FAQ – Le Gabarit Régional et la transmission des données
Une question sur le Gabarit régional et la transmission des données ?
Vous trouverez ici les réponses aux questions fréquentes liées à l’utilisation du Gabarit régional pour la transmission des données.
Cette page est régulièrement alimentée et mise à jour à partir des questions qui nous sont posées
(dernière mise à jour : Août 2026).
Qui peut transmettre ses données et pourquoi ?
L’Observatoire Régional de la Biodivesité et sa plateforme régionale du SINP « Biodiv’Aura » reposent sur une démarche collaborative. Ces outils ont pour vocation de rendre disponibles au maximum de personnes l’ensemble des données de biodiversité possible, gratuitement, en ligne.
Afin de permettre une meilleure prise en compte des connaissances existantes et de la biodiversité, il est possible à toute personne produisant des données d’observation faune, flore, ou fonge, de transmettre ses données afin de les rendre librement accessibles sur nos outils. Cette contribution est une démarche volontaire pour les contributeurs privés, et permet aux acteurs publics de répondre à leurs objectifs de libre accès de leurs données.
Dans l’idéal, les données doivent être communiquées directement par le gestionnaire de la base de données de production ou, à défaut, par le maître d’ouvrage ou financeur qui en a fait la commande.
Quelles données peuvent-être transmises ?
Actuellement, l’Observatoire de la Biodiversité en Auvergne-Rhône-Alpes prend en charge l’ensemble des données d’observations d’espèces. Les données de relevés d’habitats ne sont pas encore pleinement prises en charge, mais devraient l’être à l’avenir.
Vous pouvez ainsi transmettre toutes les données d’inventaires d’espèces ou observations naturalistes dès lors qu’elles comprennent les informations minimales requises : qui a vu quoi, où, quand, comment, pourquoi ? Un gabarit régional de données est disponible pour permettre ces transmissions de données.
Je veux transmettre mes données, comment faire ?
Si vous souhaitez alimenter la base de données régionale de l’Observatoire Régional de la Biodiversité (SINP), vous pouvez nous transmettre les données que vous produisez sur la biodiversité du territoire. Celles-ci seront prises en charge par le ou les pôles thématiques concernés (Flore-habitats-fonge, Invertébrés, ou Vertébrés) pour être intégrées. Elles deviendront ainsi accessibles pour tous, en ligne, sur notre plateforme Biodiv’Aura, et seront soumises à un processus de validation.
Pour transmettre vos données, vous pouvez nous les communiquer via le tableur « gabarit standard de données », en les déposant sur notre formulaire ici.
D’autres formats de fichiers peuvent ponctuellement être acceptés par les animateurs thématiques, dès lors qu’ils comportent toutes les information obligatoires du gabarit régional. Des transmissions automatiques sont également possibles pour les producteurs de données « Faune » travaillant avec une base de données GeoNature.
C'est quoi le gabarit régional de données ? Où le trouver ?
Le gabarit standard de données est un fichier tableur (.xlsx) pré-formaté pour faciliter la transmission des données à la base de données régionale. Il comprend tous les champs standards prévus pour les données d’occurrences de taxons (observations naturalistes) dans le SINP.
Ce fichier tableur est prévu pour permettre à chacun de transmettre l’ensemble de ses données les plus complètes et précises, quel que soit son domaine de prédilection (faune, flore, fonge…). Chaque champs y est décrit et une ligne d’exemple est donnée pour faciliter sa prise en main.
Le fichier s’articule en 3 onglets, pour permettre la transmission des données en elles-mêmes, mais également les métadonnées associées permettant de décrire le contexte dans lequel les données ont été produites (cadre d’acquisition) et comment elles ont été produites ou regroupées (jeu de données).
Ce gabarit est adapté aux pratiques régionales mais s’appuie intégralement sur les format standard national du SINP.
Le fichier est compliqué, quels onglets dois-je remplir ?
Le Gabarit Régional de Données comporte 3 onglets complémentaires, dont les objets sont associés entre eux :
Décrit le cadre dans lequel les données ont été acquises : projet, politique, type d’étude, démarche PNA, Znieff, ABC etc…
Chaque cadre d’acquisition contient un ou des jeux de données.
Décrit le ou les lots de données transmis : quel protocole, quel groupe taxonomique, quel territoire etc.
Chaque jeu de données est rattachée à un cadre d’acquisition, et contient une ou des observations.
Décrit les observations en elles-mêmes : qui a vu quoi, où, quand, comment, combien etc.
Chaque observation est rattachée à un jeu de données.
L’onglet « Cadres d’acquisition » sert à décrire le cadre dans lequel les données ont été collectées. Il est pré-rempli avec un certain nombre de cadres d’acquisition régionaux, c’est-à-dire des démarches régionales susceptibles de concerner de nombreux producteurs de données : actualisation des inventaires ZNIEFF, Plans d’Actions, Espaces Naturels Sensibles, Études d’impacts, Atlas de la Biodiversité Communale etc.
Si vos données ne rentrent dans aucun de ces cadres, ou s’il s’agit des données opportunistes de votre organisme, vous pouvez créer votre propre cadre d’acquisition « Données de la structure X » ou « Projet de recherche sur l’écologie de l’espèce Y » par exemple.
Ce cadre d’acquisition sera – dans l’onglet « Jeu de données » – associé au(x) jeux de données que vous transmettez.
L’onglet « Jeux de données » sert à décrire les différents lots de données que vous déposez. Il décrit le nom du lot de données, son objectif, le type de financements, le type de données, et permet de décrire l’emprise géographique, la durée du projet, les groupes taxonomiques visés, ou toute information pertinente pour pouvoir contextualiser les données au moment de leur réutilisation, ou pouvoir mieux les retrouver.
Par exemple lors de la réutilisation des données, un jeu de données « ATBI » indiquera une recherche approfondie de nombreux taxons, une prospection soutenue sur le site, avec des listes d’espèces plutôt exhaustives sur les groupes prospectés, tandis qu’un jeu de données opportunistes n’apportera aucune information sur les pressions d’observations et la probabilité de présence d’une espèce non inventoriée.
Ce jeu de données est rattaché à un cadre d’acquisition, et des observations y seront rattachées dans l’onglet suivant.
L’onglet « Observations » est le plus intuitif et le plus communément échangé entre les partenaires : il contient les observations d’espèces en elles-mêmes. Localisation, date, observateur, espèce, stade de vie, sexe, commentaires, nombres etc . Il est formaté selon le format standard du SINP
Dans cet onglet, chaque observation est rattachée à un jeu de données décrit précédemment.
Puis-je transmettre plusieurs jeux de données dans le même fichier ?
Oui, le gabarit régional de données vous permet de remplir plusieurs cadres d’acquisition, et plusieurs jeux de données dans le même fichier, au même titre que vous pouvez renseigner plusieurs observations.
Les observations sont rattachées à leurs jeux de données respectifs dans l’onglet « Observations », et ces derniers sont rattachés à leurs cadres d’acquisition respectifs dans l’onglet « Jeux de données ».
Il y a trop de champs : les quels dois-je renseigner ?
Les UUID : c'est quoi, où les trouver, comment les créer ?
Les « UUID » sont des chaînes de caractères complexes générées aléatoirement : par exemple f3269046-d809-43d5-9fa3-ac88e7fe0852.
Dans le SINP, ils sont utilisés comme identifiants uniques : un UUID différent est ainsi attribué à chaque donnée, jeu de données, ou cadre d’acquisition diffusé.
Bien utilisés, ils permettent de faciliter la traçabilité, la compilation et le dédoublonnement des informations partagées par les différents contributeurs, dans un contexte où les données circulent énormément entre bases de données.
Cependant, pour bien fonctionner, cet identifiant doit être attribué à la donnée le plus tôt possible dans son parcours, et en être indissociable dans tous ses transferts, même en dehors du SINP. De cette manière, il devient aisé d’identifier un doublon entre les données transmises par un partenaire et celles récupérées auprès du SINP par exemple.
Afin d’optimiser ce fonctionnement, l’UUID est désormais un champs obligatoire dans le Gabarit Régional de Données. C’est ainsi au fournisseur de données de le générer et de l’attribuer à chacune de ses données. Pour un fonctionnement optimal, nous vous invitons à attribuer un UUID à chaque donnée dès sa saisie (en remplissant à l’avance quelques milliers d’uuid dans votre tableur de saisie par exemple), et à transmettre cet identifiant dans tous vos échanges de données, même hors SINP (transmission aux experts, partenaires, commanditaires etc).
Un générateur d’UUID est disponible ci-dessous, et sur la page https://www.biodiversite-auvergne-rhone-alpes.fr/transmettre-ses-donnees :
Puis-je fournir des données dans un autre fichier que le Gabarit régional ?
L’utilisation du gabarit régional de données doit être privilégiée autant que possible, car elle permet :
- un gain de temps pour les animateurs donc une intégration et une actualisation des données plus rapide,
- une meilleure complétude des données, dans les champs et les formats dans lesquels les données seront diffusées in fine
- des données plus exactes car leur « transformation » éventuelle (conversion aux formats standard) est effectuée par le producteur, qui connait ses données (sont-elles issues du terrain ou de littérature, est-ce qu’il ne s’agit que de données de présence, etc)
Néanmoins, les animateurs thématiques peuvent accepter – au cas par cas – des fichiers différents dès lors qu’ils comportent toutes les informations obligatoires, pour simplifier le travail du fournisseur de données. N’hésitez pas à contacter votre animateur thématique si vous avez la moindre question.
Puis-je modifier le Gabarit régional pour l'adapter à mes besoins ?
Notre objectif est que les producteurs de données puissent utiliser ce gabarit le plus facilement possible, voire en faire leur fichier de saisie pour limiter les transformations de données.
Vous pouvez ainsi adapter le gabarit standard de données pour que ce dernier réponde au maximum à vos besoins, tout en restant conforme au standard du SINP.
- Modifier l’ordre des champs
- Supprimer des champs optionnels ou recommandés qui ne me concernent pas
- Ajouter de champs « personnels »
- Ajouter une ligne d’en-tête avec des noms de champs personnalisés (sans supprimer l’existante)
- Supprimer les cadres d’acquisition régionaux qui ne m’intéressent pas
- Supprimer un champs obligatoire
- Renommer les champs existants
Puis-je transmettre mes données sans métadonnées ?
Non, les métadonnées sont indispensables.
Les métadonnées sont des informations indispensables pour permettre l’intégration des données, et sont très utiles pour permettre leur réutilisation par les utilisateurs du SINP.
Elles peuvent être renseignées « à minima » (« Données mélangées produites par la structure X jusqu’en 2020 ») pour des données anciennes, mais elles doivent être aussi claires et synthétiques que possibles pour les données récentes ou futures (« Inventaire des syrphes sur la réserve naturelle X », « Diagnostic écologique pour le projet photovoltaïque Y » …).
Pourquoi il y a déjà plein de Cadres d'acquisitions dans le gabarit régional ?
Afin de faciliter la transmission des données et leur réutilisation, tout en harmonisant les métadonnées entre les différents fournisseurs, les animateurs du SINP ont mis en place des « Cadres d’acquisition régionaux ».
Les fournisseurs de données qui le souhaitent peuvent ainsi rattacher leurs jeux de données à ces cadres régionaux sans avoir à en créer de nouveau, sans contraindre les acteurs qui disposent déjà de leurs propres cadres d’acquisition.
Un cadre d'acquisition régional correspond à mes données
Je ne crée pas de nouveau cadre d'acquisition, et j'associe mon jeu de données au Cadre régional adéquat.
Aucun cadre régional ne correspond à mes données
Je crée un cadre d'acquisition personnalisé et j'y associe mon ou mes jeux de données.
Je produits mes données avec GeoNature, puis-je les transmettre automatiquement ?
Si vous produisez vos données avec l’outil GeoNature, il est possible de mettre en place un flux automatique pour vos données faune.
En effet, les pôles Invertébrés et Vertébrés utilisent GeoNature pour l’intégration des données, et des connexions automatiques sont possibles pour garantir le versement fréquent de vos données. Quelques étapes préalables sont nécessaires et les modalités sont décrites ici.
Pour les données Flore, ce fonctionnement n’est pas encore proposé, et le versement par fichier reste nécessaire.
Puis-je obtenir une aide personnalisée pour transmettre mes données ?
Oui, l’accompagnement des partenaires souhaitant transmettre leurs données fait partie des missions des animateurs du SINP.
Pour obtenir de l’aide, vous pouvez :
Participer à un atelier en petits groupes
De nombreux fournisseurs de données se posent les mêmes questions : nous proposons donc périodiquement des ateliers pratique, en visioconférence et en groupes très restreints, pour répondre aux questions de chacun et analyser leur contexte et leurs lots de données de manière personnalisée. Ces ateliers sont ouverts sur inscription et hors saison de terrain. Vous les retrouverez sur notre agenda.
Échanger avec un animateur
Pour une simple question ou si aucun atelier n'est prévu prochainement, vous pouvez contacter directement les animateurs thématiques afin d'obtenir de l'aide pour la transmission de vos données, via nos formulaires de contacts, par mail, ou par téléphone.